이번 업무협약에 따라 양 기관은 △양 기관 간 학술 및 연구개발 사업의 협력 및 지원 △서울특별시 보건·환경 관련 연구와 정책개발 공동 수행을 통한 정책 지원 △양 기관 간 인적 교류 △보건·환경 관련 학술연구에 관한 협의와 공동 기획·수행 등에 대해 협력하게 된다.
이 밖에도 서울특별시의 보건·환경 관련 미래 경쟁력 강화를 위한 융복합연구, 저개발 국가의 도시환경·보건 관련 및 기술, 산업 등의 사업화와 수출 지원 등에 관해서도 공동 연구하게 된다.
서울시립대와 보건환경연구원은 서울시의 대기(미세먼지 연구), 하수(도시 내 하수 악취 저감장치 효과 연구), 음식물쓰레기(음식물쓰레기 분쇄 연구) 등에 관한 연구를 함께 수행한 바 있다.
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