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정종문 교수는 연세대 학·석사를 거쳐 미국 펜실베이니아주립대에서 박사학위를 받는 동안 1997년부터 교수진으로 채용돼 1999년까지 펜실베이니아주립대 전기공학과 조교수를 지냈다. 1997년 IEEE Eta Kappa Nu (HKN) 명예 소사이어티 상을 받고 평생회원이 됐다.
2000년부터 2005년까지 미국 오클라호마주립대 전기컴퓨터공학부 정년보장 부교수 겸 오클라호마 통신·네트워크·생명공학연구소 소장을 지냈다. 2005년 9월부터 연세대 전기전자공학부 교수로 재직 중이며 연세대 의과대학 응급의학교실 겸직교수이다.
연세대 부임 이후 유명 SCI 국제 저널에 약 110편의 논문을 발표했으며, 17개의 미국 특허 등록을 포함해 약 150개의 특허를 등록했다.
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