병역특례요원의 경우 산업기능요원과 전문연구요원이 해당된다. 산업기능요원은 국가 산업의 육성·발전 차원에서 일정 자격, 면허, 학력 등을 갖춘 사람이 군복무 대신에 병무청장이 선정한 기업체 등에서 일정 기간 근무하는 것을 말한다. 주로 특성화고와 마이스터고 출신들이 산업기능요원에 지원하며 올해 산업기능요원 선발 규모는 6000명이다.

전문연구요원은 KAIST(한국과학기술원) 등 과학기술특성화대학과 일반 대학 이공계 석·박사 인력이 군복무 대신 연구기관에서 3년간 연구개발활동을 하는 것을 말한다. 올해 전문연구요원 선발 규모는 2500명이다.

그러나 국방부의 병역특례요원 폐지 계획은 과학기술계 등이 거세게 반발하면서 초반부터 난항을 겪고 있다. 국내 과학기술 관련 단체 모임인 대한민국과학기술대연합(이하 대과연)은 지난 18일 성명서를 통해 "500만 과학기술인을 대변하는 대과연은 국방부의 이공계 병역특례 폐지에 대해 큰 우려와 함께 강력하게 반대한다"며 "정부는 경쟁력 있는 과학기술 인력 양성을 진정 포기하려는 것인가? 누가 군의관, 법무관으로 갈 수 있는 타 분야와 대비해 과학기술계로 올 것인가? 과학기술 연구인력이 어떤 경력으로 연구하고 있는지 면밀히 검토해 봐야 한다"고 지적했다.

대과연은 "벤처기업의 인재 유치에 중요한 기능을 하는 산업기능요원제도 졸속 폐지 부작용을 어떻게 감당하려 할 것인지도 우려된다"면서 "인구감소에 따른 국방력 감소 대안을 마련해야 함은 당연하나 현대의 국방은 고도의 과학기술 기반에서 유지되는 것이라는 인식을 확실히 할 필요가 있다"고 주장했다.

KAIST, GIST(광주과학기술원), DGIST(대구경북과학기술원), UNIST(울산과학기술원), POSTECH(포항공대) 등 과학기술특성화대학 학부 또는 대학원 총학생회와 고려대, 서울대, 연세대 등 일반 대학 이공계 관련 총학생회로 구성된 전국 이공계 학생 전문연구요원 특별대책위원회(이하 대책위)는 "전문연구요원제도 폐지는 국방력 손실이자 국가적 후퇴"라며 목소리를 높였다.

대책위는 "노벨상을 받은 사람들의 상당수는 20대에 시작한 연구를 중단 없이 지속적으로 진행했기 때문에 성과를 거뒀다"면서 "대한민국 연구 인력 또한 연구 활동이 가장 왕성한 시기에 전문연구요원제도를 통해 위성, 로봇, 항공 등 각종 분야에서 국가 과학기술을 발전시키고 국방력 향상에 크게 기여했다"고 말했다.

또한 대책위는 "전문연구요원 졸속 폐지로 대한민국 과학기술계의 연구 인력들을 연구실 밖으로 끌어낸다면 국가 과학기술 발전과 국방부가 바라는 국방력의 향상은 없다"며 "제도를 폐지할 것이 아니라 더욱 장려해 이공계 핵심 인력을 양성할 수 있도록 노력하는 것이 앞으로 국방기술력을 위해 국방부가 나아가야 할 방향"이라고 강조했다.

정부 내에서도 부정적인 여론이 나오고 있다. 미래창조과학부(이하 미래부)가 병역특례제도 존치 입장을 밝힌 것. 미래부 관계자는 "'이공계 병역특례가 국가 연구개발(R&D) 역량과 중소기업 활성화에 꼭 필요한 제도인 만큼 이에 대해 부처 간의 지속적 논의가 필요하다'는 취지의 정식 공문을 국방부에 발송했다"고 23일 밝혔다.

이처럼 반발 여론이 확산되자 국방부는 병역특례제도 폐지 등 현역 자원 전환·대체복무제 폐지 계획은 확정된 사안이 아니라며 진화에 나섰다.